Sebelum diintegrasikan ke TN. Rawa Aopa Watumohai, padang savanna ini memang telah ditetapkan menjadi Taman Buru bagi pemilik ijin/akta berburu oleh Departemen Pertanian. Luas padang savanna di TNRAW adalah ±22.963 Ha. Keunikan savanna tersebut lebih pada komposisi vegetasi yang merupakan asosiasi padang alang-alang (Imperata cylindrica) dengan tumbuhan agel (Corvpha utan), lontar (Borassus flabelifer), bambu duri (Bambusa spinosa), tipulu (Arthocarpus teysmanil) serta semak belukar. Komposisi tersebut menjadi tempat ideal bagi satwa seperti burung maleo (Macrocephalon maleo), ayam hutan hijau (Gallus varius), ayam hutan merah (Gallus gallus), rangkok/julang Sulawesi (Rhyticeros cassidix), merpati hutan (Ducula luctuosa), kakak tua jambul kuning (Acatua sulphurea), dan berbagai jenis burung air dan burung migran, termasuk rusa (Cervus timorensis), babi hutan (Sus celebensis), biawak (Varanus salvator), ular sanca (Phyton reticulates)dan anoa dataran rendah (Bubalus depressicornis).
B. Rawa
Ekosistem rawa TN. Rawa Aopa Watumohai memiliki luas ±11.488 Ha. Jenis ikan air tawar yang banyak ditemui diantaranya gabus (Chana striata), lele (Clarias batrachus), sepat (Tricogaster spp), karper (Helostoma temenckii), berubi (Anabas testudineus), dan belut (Monopterus albus). Berbagai jenis burung air (water fowl) yang dapat ditemui diantaranya aroweli (Mycteria cinerea), pecuk ular (Anhinga melanogaster), cangak merah (Ardea purpurea), bangau (Egretta intermedia), koak merah (Nyctocorax caledonicus), belibis (Dendrocygna arquata). Sedangkan dari jenis reptilian adalah buaya (Crocodylus porosus), biawak (Varanus salvator), soa-soa (Hydrosaurus amboinensis), ular sanca (Phyton reticulatus), ular hijau, dan ular hitam. Beberapa jenis flora yang dapat ditemui di ekosistem ini diantaranya teratai, Pandan rawa, ilalang.
C. Hutan Hujan Dataran Rendah
Ekosistem Hutan hujan pegunungan dataran rendah ini seluas ± 64.569 ha. Sebagaimana hutan tropis pada umumnya di tempat ini banyak ditumbuhi jenis rotan, liana, perdu dan herba. Jenis tumbuhan yang mendominasi sangat beragam antara lain Kalaero (Dyospiros malabarica), Kulipapo (Vitex copasus), Bitti (Vitex pubescens), Kolaka (Perinarium corimbosum), Bolongita (Tetrameles nudiflora), Kokabu (Anthocephalus cadamba), Kayu Nona (Metrosideros petiolata), Bayam (Intsia sp), Kalapi (Callapia celebica), dan lain-lain.
Sedangkan jenis satwa liar yang ada di ekosistem ini adalah Anoa (Bubalus sp.), Babirusa (Babyrousa babyrussa), Monyet Hitam (Macaca ochreata), Podi (Tarsius spectrum), Musang (Macrogalidia musschenbroek), Beke/Babi Hutan(Sus celebensis), Burung Rangkong Rhyticeros cassidix, Kakatua Kecil Jambul Kuning (Cacatua sulphurea), Ayam hutan (Gallus gallus), dan lain-lain.
D. Mangrove
Sabuk hijau berupa hutan bakau merupakan salah satu ciri TN. Rawa Aopa Watumohai. Ekosistem magrove ini membentang 24 kilometer sepajang pantai Lanowulu dengan luas sekitar 6.173 hektar. Hutan bakau merupakan habitat, tempat pemijahan (spawning ground) dan perkembangan (nursery and feeding ground) berbagai spesies jenis ikan dan crustacean serta tempat mencari makan berbagai jenis burung air seperti aroweli (Mycteria cinerea), pecuk ular (Anhinga melanogaster), cangak merah (Ardea purpurea), bangau (Egretta intermedia), serta dari jenis mamalia, seperti anoa (Buballus depressicornis), babi hutan (Sus celenbensis) dan rusa (Cervus timonresis) dan juga dari jenis reptil seperti buaya muara (Crocodylus porosus), biawak (Varanus salvator) dan ular sawah (Python reticulates).
Jenis tumbuhan yang mendominasi diantaranya Rhizophora mucronata (bakau hitam), Rhizophora apiculata (bakau putih), Brugeiera gymnorhyza (tongke/coke), Ceriops tagal (tangir); Sonnertia alba (beropa); Lumnitzera littorea dan L. racemosa (unga-unga) Xylocarpus granatum (buli).
